PubMed 分析 MCP 服务器

PubMed 的 MCP 服务器这是一个新开发的项目，功能仍在不断完善中。我们欢迎您的建议和改进！

注意：这是一个新开发的项目，功能仍在不断优化中。欢迎提出建议和改进！

一款专业的 PubMed 文献分析 MCP 服务器，帮助研究人员快速了解医学研究趋势。

功能

• 文献检索支持 PubMed 高级搜索语法，可以设置日期范围和结果数量。/ 支持 PubMed 高级搜索语法并进行日期过滤。
• 热点分析统计关键词频率，识别热门研究方向，并总结相关文献。/ 分析关键词频率以识别热门研究领域。
• 趋势跟踪跟踪关键词随时间的变化频率，揭示研究趋势的演变。/ 跟踪关键词随时间的变化，揭示研究趋势的演变。
• 出版数量提供灵活的时间周期设置，分析文献数量的变化。/ 分析出版量变化，支持自定义时间周期。
• 综合报告一键生成包含热点、趋势和统计数据的分析报告。/ 生成包含自定义参数的完整报告。

MCP 工具

1. search_pubmed

搜索 PubMed 并保存结果。/ 搜索 PubMed 并保存结果。

主要参数/关键参数： 通常不需要显式设置，与大型模型通信即可。/ 通常无需显式设置，与大型模型通信即可。

• advanced_searchPubMed 搜索查询（必需，同高级搜索语法）/PubMed 搜索查询（必需，同高级搜索语法）
• start_date：起始日期（格式：YYYY/MM/DD）/起始日期（格式：YYYY/MM/DD）
• end_date：结束日期（格式：/结束日期（格式：YYYY/MM/DD）
• max_results：最大结果数（默认：1000）/最大结果数（默认：1000）

2. list_result_files

列出可用的结果文件。/ 列出可用的结果文件。

3. analyze_research_keywords

分析研究热点和趋势。/ 分析研究热点和研究趋势。 主要参数/关键参数：

• top_n分析关键词的数量（默认：20）/关键词数量（默认：20）

4. analyze_publication_count

分析出版数量。/ 分析出版数量。

5. generate_comprehensive_analysis

生成综合分析报告。/ 生成综合分析。

Trae 使用示例/示例

在我们之间... 当我使用相同的模型时，Cursor 让我觉得是我自己没有道理。而 Trae 却能理解我。真是一个很棒的IDE！

安装依赖

推荐使用 UV 虚拟环境。/ 推荐使用 uv 虚拟环境。
uv：访问 UV 仓库

# pyproject.toml 目录下：
uv pip install -e .

编写 mcp.json

合并以下配置到 mcp.json（针对 Windows）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmearch": {
      "command": "cmd",
      "args": [
        "/c",
        "uv",
        "run",
        "--directory",
        "path/to/project/root/directory",  // pubmearch 文件夹所在的文件夹
        "-m",
        "pubmearch.server"
      ],
      "env": {
        "NCBI_USER_EMAIL": "youremailaddress@email.com",
        "NCBI_USER_API_KEY": "your_api_key"
      }
    }
  }
}

获取 PubMed API 密钥

1. 登录 PubMed 网站。/ 登录 PubMed。
2. 点击右上角的头像，选择“账户设置”。/ 点击您的头像，选择“账户设置”。
3. 向下滚动至“API 密钥”部分，点击“创建 API 密钥”。/ 向下滚动至“API 密钥”部分，点击“创建 API 密钥”。

LLM 提示（代理模式）

推荐使用高级搜索语法/ 使用高级搜索语法。

• 帮助我分析过去三个月前列腺癌免疫治疗的研究热点。高级搜索查询是 ((prostat*[Title/Abstract]) AND (cancer[Title/Abstract])) AND (immu*[Title/Abstract])。
• 您能帮我分析过去三个月前列腺癌免疫治疗的研究热点吗？搜索词是 (prostat * [Title/Abstract]) AND (cancer [Title/Abstract]) AND (immu * [Title/Abstract])。

注意事项/注意事项

• 请遵守 NCBI 的 API 使用政策。/ 遵守 NCBI 使用政策。
• 结果文件保存在 pubmearch/results 目录中，日志位于 pubmed_server.log。/ 结果保存在 pubmearch/results 目录中，日志在 pubmed_server.log。
• 我通常忙于学习，因此项目可能会有延迟。/ 我忙于学习，项目可能会延迟。

贡献/贡献

欢迎通过 Issue 或 Pull Request 提交改进。/ 欢迎通过 Issues 或 Pull Requests 提交贡献。

许可证/许可证

MIT