非官方 Open Targets MCP 服务器 🧬

用于访问 Open Targets 平台数据进行基因-药物-疾病关联研究的非官方模型上下文协议服务器。

由 Augmented Nature 开发

✅ 验证功能

所有6个工具与实时 Open Targets API 数据协同工作：

• 🎯 目标搜索 - 基因符号、名称、描述（如 BRCA1、TP53 等）
• 🦠 疾病搜索 - 名称、同义词、描述（如癌症、糖尿病等）
• 🔗 目标-疾病关联 - 来自20多个数据库的证据评分
• 📊 疾病目标概要 - 优先治疗目标
• 🧬 目标详情 - 全面的基因/蛋白质信息
• 🎭 疾病详情 - 完整的疾病概况，包括本体论

🚀 快速开始

# 安装并构建
npm install
npm run build

# 运行服务器
node build/index.js

📋 MCP 客户端配置

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他 MCP 客户端

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🎯 search_targets

通过基因符号、名称或描述搜索治疗目标

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // 基因符号、名称或描述
    "size": 10 // 可选：结果数量（默认：25，范围：1-500）
  }
}

示例结果：

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA修复相关
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA修复相关
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1相互作用DNA解旋酶1

🦠 search_diseases

通过名称、同义词或描述搜索疾病

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "乳腺癌", // 疾病名称、同义词或描述
    "size": 10 // 可选：结果数量（默认：25，范围：1-500）
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

获取带有证据评分的目标-疾病关联

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // 目标 Ensembl ID
    "size": 10 // 可选：结果数量（范围：1-500）
  }
}

或者

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病 EFO ID
    "size": 10 // 可选：结果数量（范围：1-500）
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

获取与疾病相关的优先目标

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病 EFO ID（必需）
    "size": 20 // 可选：目标数量（默认：50，范围：1-500）
  }
}

🧬 get_target_details

获取全面的目标信息

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // 目标 Ensembl 基因 ID
  }
}

🎭 get_disease_details

获取全面的疾病信息

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // 疾病 EFO ID
  }
}

📚 资源模板

通过标准化的URI访问 Open Targets 数据：

• opentargets://target/{ensemblId} - 完整的目标信息
• opentargets://disease/{efoId} - 完整的疾病信息
• opentargets://drug/{chemblId} - 药物信息
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 关联证据
• opentargets://search/{query} - 搜索结果

🧪 实际应用案例

癌症研究工作流程

# 1. 搜索与癌症相关的靶点
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "致癌基因", "size": 10}}

# 2. 获取特定靶点的详细信息
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. 查找与BRCA1相关的所有疾病
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. 获取乳腺癌的顶级靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

药物发现流水线

# 1. 搜索阿尔茨海默病
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "阿尔茨海默", "size": 5}}

# 2. 获取疾病详情
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. 查找优先治疗靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔬 数据源及标准

Open Targets 集成了20多个数据库：

• ChEMBL - 药物及化合物数据
• Ensembl - 基因及蛋白质注释
• EFO - 实验因素本体论
• ClinVar - 临床变异数据
• GWAS Catalog - 全基因组关联研究
• UniProt - 蛋白质序列及功能
• Reactome - 生物途径
• 等等...

标准化标识符：

• 目标：Ensembl 基因ID（例如，ENSG00000012048）
• 疾病：EFO ID（例如，EFO_0000305）
• 药物：ChEMBL ID（例如，CHEMBL1234）

🏗️ 架构

• 使用 TypeScript 实现，具有强大的类型安全性
• 使用 GraphQL 查询以高效检索数据
• 符合 MCP 协议的 JSON-RPC 通信
• 综合验证的错误处理
• 具有30秒超时和适当日志记录的生产就绪

📊 API 信息

• 基础 URL：https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• 版本：Open Targets v25.0.1
• 速率限制：对研究用途慷慨
• 身份验证：无需身份验证
• 格式：GraphQL 查询，JSON 响应

🤝 贡献

此服务器由 Augmented Nature 开发和维护。对于增强功能：

1. 分叉仓库
2. 进行更改
3. 提交拉取请求

支持

对于以下问题：

• MCP 服务器：检查服务器日志和错误输出
• Open Targets API：访问 platform.opentargets.org
• GraphQL 查询：使用 Open Targets GraphQL 浏览器

引用

如果您在研究或出版物中使用了此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP 服务器},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}