Molecule-MCP

Molecule-MCP: 分子模型上下文协议服务器。 Molecule-MCP 通过模型上下文协议（MCP）将与分子科学相关的工具连接到 Claude AI，使 Claude 能够直接与这些工具交互并控制它们，并作为共同科学家进行操作。这种集成使得可以进行提示辅助的分子建模。

安装

⚠️ 注意：Molecule-MCP 需要安装并运行 Claude Desktop。

1. 前往 Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置 > claude_desktop_config.json 并包含以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/pymol_server.py"
      ]
    },
    "chimerax": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/ChimeraX_server.py"
      ]
    },
    "gromacs_copilot": {
      "command": "/path/to/mcp",
      "args": [
        "run",
        "/path/to/molecule-mcp/mcp_server.py"
      ]
    }
  }
}

2. 安装 mcp 并获取脚本

pip install "mcp[cli]" chatmol
pip install git+https://github.com/ChatMol/gromacs_copilot.git # 可选，用于运行 gromacs_copilot
which mcp

将会显示 mcp 的路径。复制此路径并在下一步中替换 /path/to/mcp。

git clone https://github.com/ChatMol/molecule-mcp.git
cd molecule-mcp
pwd

将会显示 molecule-mcp 的路径。复制此路径并在下一步中替换 /path/to/molecule-mcp。

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