【技术文档摘要】：

非官方BioStudies MCP服务器

一个精简的模型上下文协议（MCP）服务器，提供可靠访问EBI BioStudies数据库的功能。该服务器专注于与当前BioStudies API一致的核心功能，确保对生物研究元数据的可靠访问。

由 Augmented Nature 开发

功能

• 研究详情：获取特定研究的全面信息，包括丰富的元数据提取
• 存取号验证：验证研究存取号并检查研究是否存在
• 批量处理：高效地在一个请求中检索多个研究
• 丰富数据提取：增强解析研究元数据，包括属性、文件、链接和子部分
• 可靠性能：仅包含与当前API一致工作的工具

安装

先决条件

• Node.js 18或更高版本
• npm 或 yarn

设置

1. 克隆或下载服务器文件
2. 安装依赖项：

npm install

3. 构建服务器：

npm run build

4. 启动服务器：

npm start

使用

该服务器提供了3个可靠的工具来与BioStudies API交互：

1. 获取研究详情 (get_study_details)

检索特定研究的全面信息，包括丰富的元数据、外部参考、相关文件和详细的属性。

{
  "accno": "S-BSST1234"
}

示例响应特征：

• 完整的研究属性和部分细节
• 外部数据库参考和链接
• 相关文件信息，包括大小和类型
• 子部分数据和层级信息
• 作者详情，包括所属机构和ORCID ID
• 丰富的描述和方法论

2. 验证研究存取号 (validate_study_accession)

验证存取号格式并检查研究是否存在于数据库中。

{
  "accno": "E-MTAB-1234"
}

响应包括：

• 格式验证结果
• 研究存在确认
• 如果找到，基本研究信息
• 访问级别（公开/受限）

3. 批量获取研究 (batch_get_studies)

在一个请求中高效地检索多个研究的信息（最多50个研究）。

{
  "accessions": ["S-BSST1234", "E-MTAB-5678", "EMPIAR-9012"]
}

特性：

• 一次处理最多50个研究
• 每个研究的成功/失败状态
• 失败检索的详细错误报告
• 高效的并行处理

支持的存取号格式

服务器识别这些存取号模式：

• S-BSST#### - BioStudies提交
• E-MTAB-#### - ArrayExpress研究
• EMPIAR-#### - EMPIAR电子显微镜数据
• S-BIAD#### - BioImages数据
• S-BSMS#### - BioSamples数据
• PRJ[EDN][A-Z]#### - 项目存取号

示例

获取详细研究信息

{
  "accno": "E-MTAB-7249"
}

这返回全面的元数据，包括研究描述、方法论、作者信息、文件列表和外部数据库链接。

验证多个存取号

{
  "accessions": [
    "S-BSST1234",
    "E-MTAB-5678",
    "INVALID-123"
  ]
}

这高效地处理多个研究，并报告哪些存在以及哪些失败及其具体错误消息。

检查存取号是否存在

{
  "accno": "EMPIAR-10001"
}

这验证格式并确认研究是否存在于数据库中。

错误处理

服务器提供清晰的错误消息：

• 无效的存取号格式
• 不存在的研究
• 网络连接问题
• 缺少必需参数
• 速率限制和超时

API详情

• 基础URL：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/api/v1
• 格式：带有全面元数据的JSON响应
• 超时：每个请求30秒
• 批量限制：每个批量请求最多50个研究

数据质量

此服务器包括增强的数据提取，能够：

• 解析来自API的复杂嵌套JSON结构
• 提取全面的研究属性和部分细节
• 包括文件信息、外部链接和参考
• 提供丰富的元数据，包括描述、方法论和作者详情
• 处理各种研究类型和集合格式

开发

构建

npm run build

开发模式

npm run dev

项目结构

biostudies-server/
├── src/
│   ├── index.ts                    # 主服务器入口点
│   ├── handlers/
│   │   └── biostudies-handlers.ts  # 工具实现
│   ├── types/
│   │   └── biostudies.ts           # TypeScript接口
│   └── utils/
│       └── api-client.ts           # 增强解析的HTTP客户端
├── build/                          # 编译后的JavaScript
├── package.json
├── tsconfig.json
└── README.md

集合

BioStudies包括来自多个集合的数据：

• ArrayExpress：基因表达和功能基因组学研究
• BioImages：显微镜的生物成像数据
• EMPIAR：电子显微镜公共图像档案
• BioSamples：样本元数据和描述
• 通用BioStudies：多组学和通用生物学研究

使用案例

此服务器特别适用于：

• 研究数据发现：查找和分析生物研究
• 元数据提取：检索全面的研究信息
• 数据集成：将BioStudies数据整合到分析管道中
• 存取号验证：验证数据库中的研究标识符
• 批量处理：高效处理多个研究

支持

对于以下问题：

• 此MCP服务器：提交问题到服务器仓库
• BioStudies API：联系 biostudies@ebi.ac.uk
• 研究数据：使用研究元数据提供的联系方式

许可

MIT许可 - 查看LICENSE文件以获取详细信息。

相关资源

• BioStudies数据库
• BioStudies帮助
• 模型上下文协议
• EBI数据资源