非官方Reactome MCP服务器 🧬

用于访问Reactome通路和系统生物学数据的模型上下文协议服务器。

由Augmented Nature开发 - 推动科学发现的人工智能

✅ 已验证功能

所有8个工具均与实时Reactome API数据兼容：

• 🔍 通路搜索 - 按名称、过程或关键词搜索生物通路
• 📊 通路详情 - 全面的通路信息及其组成部分
• 🧬 基因到通路 - 查找包含特定基因或蛋白质的通路
• 🦠 疾病通路 - 与疾病相关的生物机制
• 🌲 通路层次结构 - 父子关系及通路结构
• 🧪 通路参与者 - 所有参与通路的分子
• ⚗️ 生化反应 - 详细的反应信息
• 🔗 蛋白质相互作用 - 通路内的分子相互作用

🚀 快速开始

# 安装并构建
npm install
npm run build

# 运行服务器
node build/index.js

📋 MCP客户端配置

Claude桌面

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他MCP客户端

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🔍 search_pathways

按名称、描述或关键词搜索生物通路

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "细胞周期", // 通路名称、过程或关键词
    "type": "pathway", // 可选：pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // 可选：1-100条结果（默认：20）
  }
}

示例结果：

• 细胞周期 (R-HSA-1640170) - 细胞周期进程和调控
• 细胞周期检查点 (R-HSA-69620) - 质量控制机制
• 有丝分裂G1-G1/S期 (R-HSA-453279) - G1期进程

📊 get_pathway_details

获取特定通路的全面信息

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome通路稳定标识符
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

查找包含特定基因或蛋白质的所有通路

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // 基因符号或UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // 可选：物种（默认：Homo sapiens）
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

查找与疾病相关的通路和机制

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "癌症", // 疾病名称或DOID标识符
    "size": 25 // 可选：1-100条通路（默认：25）
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

获取层级结构和父子关系

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome通路稳定标识符
  }
}

🧪 get_pathway_participants

获取通路中的所有分子（蛋白质、基因、化合物）

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome通路稳定标识符
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

获取通路内的所有生化反应

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome通路稳定标识符
  }
}

🔗 get_protein_interactions

获取通路内的蛋白质-蛋白质相互作用

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome通路稳定标识符
    "interactionType": "all" // 可选：protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 资源模板

通过标准化URI访问Reactome数据：

• reactome://pathway/{id} - 完整通路信息
• reactome://reaction/{id} - 详细的反应信息
• reactome://protein/{id} - 蛋白质细节及其关联
• reactome://disease/{id} - 与疾病相关的通路
• reactome://search/{query} - 搜索结果

🧪 实际案例

系统生物学工作流程

# 1. 搜索DNA修复通路
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA修复", "size": 10}}

# 2. 获取详细通路信息
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. 查找包含BRCA1的所有通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. 获取通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾病机制研究

# 1. 搜索癌症相关通路
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "癌症", "size": 15}}

# 2. 获取致癌信号通路的层级结构
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. 分析生化反应
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

药物发现流程

# 1. 查找药物靶点通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. 获取通路内的蛋白质相互作用
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. 分析通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 数据覆盖

Reactome提供整理的数据包括：

• 超过25,000个反应 跨越所有主要生物过程
• 超过14,000个蛋白质 附带详细的功注释
• 超过2,500个通路 覆盖细胞和分子过程
• 超过20种物种 包括人类、小鼠、大鼠和模式生物
• 交叉引用 到UniProt、ChEMBL、Ensembl和其他数据库

关键生物领域：

• 信号转导通路
• 代谢过程和网络
• 基因调控和表达
• 细胞周期和DNA修复
• 免疫系统响应
• 疾病机制和药物作用
• 发育生物学过程

🏗️ 架构

• TypeScript实现 具有强大的类型安全性
• Reactome内容服务API 用于高效的数据检索
• 符合MCP协议的JSON-RPC通信
• 错误处理 具有全面的验证
• 生产就绪 具有30秒超时和适当的日志记录

📊 API信息

• 基础URL：https://reactome.org/ContentService
• 版本：Reactome v79（最新）
• 速率限制：对研究用途慷慨
• 身份验证：无需身份验证
• 格式：REST API，返回JSON

🤝 贡献

1. 分叉仓库
2. 修改代码
3. 提交拉取请求

引用

如果您在研究或出版物中使用了此项目，请按照以下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}