扫描分析-MCP

【技术文档摘要】：

⚠️ 重要通知: 本仓库已不再维护。请访问 scmcphub 获取最新版的MCP服务器。

Scanpy MCP服务器

一个用于单细胞RNA测序(scRNA-Seq)分析软件Scanpy的自然语言MCP服务器。

🪩 它能做什么？

• 输入输出模块：使用自然语言读取和写入scRNA-Seq数据
• 预处理模块：过滤、质量控制、标准化、缩放、高变基因、PCA、邻居关系等
• 工具模块：聚类、差异表达等
• 绘图模块：小提琴图、热图、点图

❓ 这是给谁用的？

• 想要使用自然语言进行scRNA-Seq分析的任何人
• 想要在他们的应用中调用Scanpy函数的代理开发者

🌐 在哪里使用它？

您可以在大多数支持MCP的AI客户端、插件或代理框架中使用scanpy-mcp：

• AI客户端，如Cherry Studio
• 插件，如Cline
• 代理框架，如Agno

🎬 示例

一个演示在AI客户端Cherry Studio中使用基于scanpy-mcp的自然语言进行scRNA-Seq细胞聚类分析的示例

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ 快速开始

安装

从PyPI安装

pip install scanpy-mcp

您可以运行以下命令来测试它

scmcp run

在本地运行scnapy-server

参考以下配置在您的MCP客户端中：

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scanpy-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

在远程运行scnapy-server

参考以下配置在您的MCP客户端中：

在您的服务器上运行

scmcp run --transport shttp --port 8000

然后配置您的MCP客户端，如下所示：

http://localhost:8000/mcp

🤝 贡献

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