PDB MCP Server

这是一个提供访问蛋白质数据银行（PDB）信息的模型上下文协议（MCP）服务器，PDB是关于蛋白质、核酸和复杂组装体三维结构信息的世界性存储库。

功能

工具

• search_structures: 根据关键词、蛋白质名称或PDB ID搜索PDB数据库中的蛋白质结构
• get_structure_info: 获取特定PDB结构的详细信息
• download_structure: 下载各种格式的结构坐标（PDB、mmCIF、mmTF、XML）
• search_by_uniprot: 查找与UniProt访问号相关的PDB结构
• get_structure_quality: 获取结构质量指标和验证数据

资源

• pdb://structure/{pdb_id}: 指定PDB ID的完整结构信息
• pdb://coordinates/{pdb_id}: PDB格式的结构坐标
• pdb://mmcif/{pdb_id}: mmCIF格式的结构数据
• pdb://validation/{pdb_id}: 结构验证数据和质量指标
• pdb://ligands/{pdb_id}: 配体和结合位点信息
• pdb://search/{query}: 匹配查询的结构搜索结果

安装

npm install
npm run build

使用方法

与Claude Desktop集成

在你的claude_desktop_config.json中添加：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

1. 搜索胰岛素结构：

   使用search_structures工具查找胰岛素蛋白结构
   

2. 获取特定结构的信息：

   使用get_structure_info获取PDB结构1ABC的详细信息
   

3. 下载结构坐标：

   使用download_structure下载结构1ABC的PDB文件
   

4. 查找UniProt蛋白的结构：

   使用search_by_uniprot查找UniProt访问号P01308对应的PDB结构
   

5. 检查结构质量：

   使用get_structure_quality获取PDB结构1ABC的验证指标
   

6. 直接访问资源：

   显示我资源pdb://structure/1abc
   

API集成

此服务器集成了：

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：用于结构元数据和信息
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/)：用于高级搜索能力
• RCSB PPDB文件下载 (https://files.rcsb.org/)：用于结构文件下载

结构数据格式

• PDB: 原始蛋白质数据银行格式
• mmCIF: 大分子晶体学信息文件（较新的标准）
• mmTF: 大分子传输格式（二进制，压缩）
• XML: 可扩展标记语言格式

质量指标

该服务器提供了多种结构质量指标：

• 分辨率（对于X射线晶体学）
• R-work和R-free值
• Ramachandran图统计
• 碰撞分数
• 旋转异构体异常
• 模型验证得分

补充服务器

此PDB服务器与以下服务器配合良好：

• UniProt MCP Server: 用于蛋白质序列和功能信息
• AlphaFold MCP Server: 用于预测蛋白质结构

这些服务器共同提供了全面的蛋白质结构和功能数据访问。

错误处理

该服务器包括对以下情况的健壮错误处理：

• 无效的PDB ID
• 网络连接问题
• API速率限制
• 缺失的结构文件
• 格式不正确的请求

开发

# 安装依赖
npm install

# 构建服务器
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

致谢

本项目由Augmented Nature开发 🌐 网站：augmentednature.ai

引用

如果您在研究或出版物中使用了此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {蛋白质数据银行（PDB）MCP服务器},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}