PubMed-MCP服务器

Name: PubMed-MCP服务器
Author: cyanheads

作者：cyanheads34 星标更新：2025-09-27

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

pubmed-mcp-server

通过无缝集成PubMed来增强您的AI代理和研究工具！

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一个生产级别的模型上下文协议（MCP）服务器，使AI代理和研究工具能够全面访问PubMed。通过NCBI E-utilities实现高级自动化工作流程，用于搜索、检索、分析和可视化生物医学和科学文献。

基于cyanheads/mcp-ts-template，此服务器采用模块化架构，并具有强大的错误处理、日志记录和安全特性。

🚀 核心能力：PubMed 工具 🛠️

此服务器为您的AI提供了与PubMed交互的专用工具：

工具名称	描述	示例
`pubmed_search_articles`	根据查询在PubMed中搜索文章。	查看示例
`pubmed_fetch_contents`	检索PubMed文章的详细信息。	查看示例
`pubmed_article_connections`	查找相关文章（被引用的文章、相似的文章、参考文献）或格式化PMID的引用。	示例 1, 示例 2
`pubmed_research_agent`	从组件细节生成标准化的JSON研究计划大纲。	查看示例
`pubmed_generate_chart`	从给定的输入数据生成图表图像（PNG）。	查看示例

概述

PubMed MCP服务器充当桥梁，允许理解模型上下文协议（MCP）的应用程序（MCP客户端）——如高级AI助手（LLMs）、IDE扩展或自定义研究工具——直接高效地与PubMed庞大的生物医学文献数据库进行交互。

无需复杂的API集成或手动搜索，您的工具可以利用此服务器来：

自动化研究工作流：搜索文献，获取全文元数据，跟踪引用，生成研究计划。
获得研究洞察：访问详细的出版数据、作者信息、期刊详情、MeSH术语和引用网络，无需离开主机应用程序。
将PubMed整合到AI驱动的研究中：使LLMs能够进行文献综述，分析研究趋势，并支持基于证据的决策。
可视化研究数据：从出版物元数据和搜索结果生成图表和可视化。

基于强大的mcp-ts-template，此服务器提供了一种标准化、安全且高效的通过MCP标准暴露PubMed功能的方法。它通过与NCBI的E-utilities API集成，确保遵守速率限制并提供全面的错误处理。

开发者提示：此存储库包括一个.clinerules文件，作为您的LLM编码代理的快速参考指南，包含代码库模式、文件位置和代码片段的快速参考。

功能

核心实用工具

利用mcp-ts-template提供的强大实用工具：

日志记录：结构化的可配置日志记录（文件轮换、stdout JSON、MCP通知），并带有敏感数据删除。
错误处理：集中式错误处理，标准化错误类型（McpError），并自动记录。
配置：环境变量加载（dotenv），使用Zod进行全面验证。
输入验证/清理：使用zod进行模式验证和自定义清理逻辑。
请求上下文：通过唯一的请求ID跟踪和关联操作，使用AsyncLocalStorage。
类型安全性：通过TypeScript和Zod模式强制执行强类型。
HTTP传输：使用Hono的高性能HTTP服务器，支持会话管理和身份验证。
身份验证：支持JWT和OAuth 2.1的强大身份验证层，具有细粒度的作用域执行。
部署：多阶段Dockerfile，用于创建小型、安全的生产镜像，支持本机依赖项。

PubMed 集成

NCBI E-utilities 集成：全面访问ESearch、EFetch、ELink和ESummary API，并自动解析XML。
高级搜索功能：复杂查询构建，包括日期范围、出版类型、作者过滤器和MeSH术语支持。
全文元数据：检索完整的出版数据，包括摘要、作者、隶属关系、期刊信息、DOI和引用数据。
引用网络分析：通过ELink集成查找相关文章、引用文章和参考文献列表。
研究规划：生成结构化的研究计划，具有自动文献搜索策略。
数据可视化：从出版物元数据创建PNG图表（条形图、折线图、散点图、饼图、气泡图、雷达图、极区图）。
多种输出格式：支持JSON、MEDLINE文本、完整XML和格式化引用（RIS、BibTeX、APA、MLA）。
批处理：高效处理多个PMID，支持分页。

安装

先决条件

Node.js (>=20.0.0)
npm（随Node.js一起提供）
NCBI API密钥（建议用于更高的速率限制） - 在这里获取

MCP客户端设置

将以下内容添加到您的MCP客户端配置文件（例如，cline_mcp_settings.json）中。此配置使用npx运行服务器，如果尚未存在，将自动安装该包。所有环境变量都是可选的，但建议在生产环境中使用。建议使用NCBI API密钥以避免速率限制问题。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["@cyanheads/pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "debug",
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "http",
        "MCP_HTTP_PORT": "3017",
        "NCBI_API_KEY": "YOUR_NCBI_API_KEY_HERE"
      }
    }
  }
}

如果手动运行（不是通过MCP客户端进行开发或测试）

通过npm安装

npm install @cyanheads/pubmed-mcp-server

或者从源代码安装

克隆仓库：

git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

安装依赖项：
```
npm install
```
构建项目：
```
npm run build
```

配置

环境变量

使用环境变量配置服务器。对于本地开发，这些可以在项目根目录中的.env文件或直接在您的环境中设置。否则，您可以在上面所示的MCP客户端配置中设置它们。

变量	描述	默认值
`MCP_TRANSPORT_TYPE`	传输机制：`stdio` 或 `http`。	`stdio`
`MCP_HTTP_PORT`	HTTP服务器端口（如果`MCP_TRANSPORT_TYPE=http`）。	`3017`
`MCP_HTTP_HOST`	HTTP服务器的主机地址（如果`MCP_TRANSPORT_TYPE=http`）。	`127.0.0.1`
`MCP_ALLOWED_ORIGINS`	CORS允许的来源列表（逗号分隔，如果`MCP_TRANSPORT_TYPE=http`）。	（无）
`MCP_LOG_LEVEL`	日志级别（`debug`、`info`、`notice`、`warning`、`error`、`crit`、`alert`、`emerg`）。	`debug`
`MCP_AUTH_MODE`	HTTP的身份验证模式：`jwt` 或 `oauth`。	`jwt`
`MCP_AUTH_SECRET_KEY`	对于`jwt`认证是必需的。最小32个字符的JWT认证密钥。	（无）
`NCBI_API_KEY`	建议。您的NCBI API密钥，用于更高的速率限制和可靠的访问。	（无）
`LOGS_DIR`	日志文件存储目录。	`logs/`
`NODE_ENV`	运行时环境（`development`、`production`）。	`development`

项目结构

代码库在src/目录内遵循模块化结构：

src/
├── index.ts              # 入口点：初始化并启动服务器
├── config/               # 配置加载（环境变量、包信息）
│   └── index.ts
├── mcp-server/           # 核心MCP服务器逻辑和功能注册
│   ├── server.ts         # 服务器设置，功能注册
│   ├── transports/       # 传输处理（stdio，http）
│   └── tools/            # MCP工具实现（每个工具子目录）
├── services/             # 外部服务集成
│   └── NCBI/             # NCBI E-utilities API客户端和解析
├── types-global/         # 共享的TypeScript类型定义
└── utils/                # 常用工具函数（日志记录器，错误处理器等）

要查看详细的文件树，请运行npm run tree或参见docs/tree.md。

工具

PubMed MCP服务器提供了一整套工具，用于生物医学文献研究，可通过模型上下文协议调用。

工具名称	描述	关键参数
`pubmed_search_articles`	使用查询、过滤器和日期范围在PubMed中搜索文章。	`queryTerm`，`maxResults?`，`sortBy?`，`dateRange?`，`filterByPublicationTypes?`，`fetchBriefSummaries?`
`pubmed_fetch_contents`	使用PMID或搜索历史获取详细的文章信息。	`pmids?`，`queryKey?`，`webEnv?`，`detailLevel?`，`includeMeshTerms?`，`includeGrantInfo?`
`pubmed_article_connections`	查找给定PMID的相关文章、引用和参考文献。	`sourcePmid`，`relationshipType?`，`maxRelatedResults?`，`citationStyles?`
`pubmed_research_agent`	生成具有文献搜索策略的结构化研究计划。	`project_title_suggestion`，`primary_research_goal`，`research_keywords`，`organism_focus?`，`p1_*`等
`pubmed_generate_chart`	从结构化的出版物数据创建可定制的PNG图表。	`chartType`，`dataValues`，`xField`，`yField`，`title?`，`seriesField?`，`sizeField?`

注意：所有工具都支持全面的错误处理，并返回结构化的JSON响应。

示例

每个工具的综合使用示例可在examples/目录中找到。

pubmed_search_articles：查看示例
pubmed_fetch_contents：查看示例
pubmed_article_connections：示例 1，示例 2
pubmed_research_agent：查看示例
pubmed_generate_chart：查看示例

开发与测试

开发脚本

# 构建项目（编译TS到JS并在dist/中生成可执行文件）
npm run build

# 清理构建工件
npm run clean

# 清理构建工件并重新构建项目
npm run rebuild

# 检查代码库
npm run lint

# 使用Prettier格式化代码
npm run format

# 为文档生成文件树表示
npm run tree

启动服务器

# 使用stdio（默认）启动服务器
npm start
# 或显式：
npm run start:stdio

# 使用HTTP传输启动服务器
npm run start:http

# 使用MCP检查工具（stdio传输）在本地测试服务器
npm run inspector

# 使用MCP检查工具（http传输）在本地测试服务器
npm run inspector:http

许可证

本项目根据Apache License 2.0许可 - 详情请参阅LICENSE文件。

<div align="center"> 由<a href="https://modelcontextprotocol.io/">模型上下文协议</a>构建 </div>