PubMed MCP 服务器

此仓库包含一个使用BioPython的Entrez模块搜索PubMed文章摘要的MCP服务器。它利用FastMCP框架提供PubMed的异步搜索功能。

特性

• 搜索PubMed: 根据搜索词查询文章。
• 获取摘要: 获取从PubMed返回的文章摘要。
• 异步操作: 使用异步执行（通过asyncio.to_thread）避免阻塞服务器。

预备条件

• Python 3.8或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

设置

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers
   cd pubmed-mcp-server
   

2. 安装依赖项：

   您可以使用uv命令安装所需的包：

   uv add -r requirements.txt
   

3. 配置Entrez邮箱：

   确保在代码中设置了一个有效的电子邮件地址（在main.py中）：

   Entrez.email = "给定一个电子邮件地址"
   

运行服务器

通过运行以下命令启动PubMed MCP服务器：

uv run main.py

此命令使用uv命令行工具（如配置所示）启动服务器。

配置MCP客户端

要配置您的MCP客户端以连接到PubMed MCP服务器，请创建或更新您的config.json文件如下：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/aiany/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置说明

• command:
  用于运行MCP服务器的命令行工具的完整路径（在这种情况下是uv）。

• args:

  • --directory: 指定服务器所在的工作目录。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server": 服务器根目录的路径。
  • "run" 和 "main.py": 启动PubMed MCP服务器的命令和入口点。

使用方法

一旦服务器运行且您的MCP客户端已配置，您可以使用提供的工具：

• 工具: search_pubmed
• 参数:
  • query: PubMed的搜索词（默认为"endocarditis"）。
  • max_results: 要检索的文章的最大数量（默认为10）。

示例用法：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

这将返回一个字符串，其中包含由换行符分隔的文章摘要。

许可证

本项目根据MIT许可证授权。

您可以根据具体设置调整路径和其他细节。