AnnData MCP

通过MCP使用anndata中的read_lazy函数检索有关AnnData对象的信息。

快速开始

请参阅[文档][], 特别是API文档。

您还可以在BioContextAI上找到该项目，这是一个生物医学MCP服务器的社区中心：anndata-mcp on BioContextAI。

安装

您的系统需要安装Python 3.11或更高版本。 如果您没有安装Python，我们建议安装uv。

有几种替代方法可以安装anndata-mcp：

1. 使用uvx立即运行它：

uvx anndata-mcp

2. 将其包含在支持mcp.json标准的各种客户端之一中，请使用：

{
  "mcpServers": {
    "anndata-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["anndata-mcp"]
    }
  }
}

3. 通过pip安装：

pip install --user anndata-mcp

4. 安装最新开发版本：

pip install git+https://github.com/biocontext-ai/anndata-mcp.git@main

联系方式

如果您发现了错误，请使用问题跟踪器。

引用

如果这个MCP服务器对您的研究有用，请引用BioContextAI和anndata的出版物：

@article{BioContext_AI_Kuehl_Schaub_2025,
  title={BioContextAI 是一个用于代理生物医学系统的社区中心},
  url={http://dx.doi.org/10.1038/s41587-025-02900-9},
  urldate = {2025-11-06},
  doi={10.1038/s41587-025-02900-9},
  year = {2205},
  month = nov,
  journal={自然生物技术},
  publisher={Springer Science and Business Media LLC},
  author={Kuehl, Malte 和 Schaub, Darius P. 和 Carli, Francesco 和 Heumos, Lukas 和 Hellmig, Malte 和 Fernández-Zapata, Camila 和 Kaiser, Nico 和 Schaul, Jonathan 和 Kulaga, Anton 和 Usanov, Nikolay 和 Koutrouli, Mikaela 和 Ergen, Can 和 Palla, Giovanni 和 Krebs, Christian F. 和 Panzer, Ulf 和 Bonn, Stefan 和 Lobentanzer, Sebastian 和 Saez-Rodriguez, Julio 和 Puelles, Victor G.},
  year={2025},
  month=nov,
  language={en},
}

@article{Virshup2024,
  title = {anndata: 访问和存储注释数据矩阵},
  volume = {9},
  ISSN = {2475-9066},
  url = {http://dx.doi.org/10.21105/joss.04371},
  DOI = {10.21105/joss.04371},
  number = {101},
  journal = {开放源代码软件期刊},
  publisher = {The Open Journal},
  author = {Virshup, Isaac 和 Rybakov, Sergei 和 Theis, Fabian J. 和 Angerer, Philipp 和 Wolf, F. Alexander},
  year = {2024},
  month = sep,
  pages = {4371}
}