开放目标-mcp服务器
项目介绍
非官方 Open Targets MCP 服务器 🧬
用于访问 Open Targets 平台数据以研究基因-药物-疾病关联的非官方模型上下文协议服务器。
由 Augmented Nature 开发
✅ 已验证功能
所有6个工具均与实时 Open Targets API 数据协同工作：
- 🎯 目标搜索 - 基因符号、名称、描述（如 BRCA1、TP53 等）
- 🦠 疾病搜索 - 名称、同义词、描述（如癌症、糖尿病等）
- 🔗 目标-疾病关联 - 来自20多个数据库的证据评分
- 📊 疾病目标概要 - 优先治疗目标
- 🧬 目标详情 - 全面的基因/蛋白质信息
- 🎭 疾病详情 - 完整的疾病概况，包括本体论
🚀 快速开始
# 安装和构建
npm install
npm run build
# 运行服务器
node build/index.js
📋 MCP 客户端配置
Claude Desktop
{
"mcpServers": {
"opentargets-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
}
}
}
其他 MCP 客户端
node /path/to/opentargets-server/build/index.js
🛠️ 可用工具
🎯 search_targets
通过基因符号、名称或描述搜索治疗目标
{
"name": "search_targets",
"arguments": {
"query": "BRCA1", // 基因符号、名称或描述
"size": 10 // 可选：结果数量（1-500，默认值：25）
}
}
示例结果：
- BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA修复相关
- BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA修复相关
- BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1相互作用DNA解旋酶1
🦠 search_diseases
通过名称、同义词或描述搜索疾病
{
"name": "search_diseases",
"arguments": {
"query": "乳腺癌", // 疾病名称、同义词或描述
"size": 10 // 可选：结果数量（1-500，默认值：25）
}
}
🔗 get_target_disease_associations
获取具有证据评分的目标-疾病关联
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"targetId": "ENSG00000012048", // 目标 Ensembl ID
"size": 10 // 可选：结果数量（1-500）
}
}
或者
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病 EFO ID
"size": 10 // 可选：结果数量（1-500）
}
}
📊 get_disease_targets_summary
获取与疾病相关的优先目标
{
"name": "get_disease_targets_summary",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病 EFO ID（必需）
"size": 20 // 可选：目标数量（1-500，默认值：50）
}
}
🧬 get_target_details
获取全面的目标信息
{
"name": "get_target_details",
"arguments": {
"id": "ENSG00000012048" // 目标 Ensembl 基因 ID
}
}
🎭 get_disease_details
获取全面的疾病信息
{
"name": "get_disease_details",
"arguments": {
"id": "EFO_0000305" // 疾病 EFO ID
}
}
📚 资源模板
通过标准化的URI访问 Open Targets 数据：
opentargets://target/{ensemblId}- 完整的目标信息opentargets://disease/{efoId}- 完整的疾病信息opentargets://drug/{chemblId}- 药物信息opentargets://association/{targetId}/{diseaseId}- 关联证据opentargets://search/{query}- 搜索结果
🧪 实际应用示例
癌症研究工作流程
# 1. 搜索与癌症相关的靶点
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "致癌基因", "size": 10}}
# 2. 获取特定靶点的详细信息
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}
# 3. 查找与BRCA1相关的所有疾病
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}
# 4. 获取乳腺癌的顶级靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}
药物发现管道
# 1. 搜索阿尔茨海默病
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "阿尔茨海默", "size": 5}}
# 2. 获取疾病详情
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}
# 3. 查找优先治疗靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}
🔬 数据来源及标准
Open Targets 集成了20多个数据库：
- ChEMBL - 药物及化合物数据
- Ensembl - 基因及蛋白质注释
- EFO - 实验因素本体论
- ClinVar - 临床变异数据
- GWAS Catalog - 全基因组关联研究
- UniProt - 蛋白质序列及功能
- Reactome - 生物途径
- 等等...
标准化标识符：
- 目标：Ensembl 基因ID（例如，ENSG00000012048）
- 疾病：EFO ID（例如，EFO_0000305）
- 药物：ChEMBL ID（例如，CHEMBL1234）
🏗️ 架构
- 使用 TypeScript 实现，具备强大的类型安全性
- 使用 GraphQL 查询进行高效的数据检索
- 符合 MCP 协议的 JSON-RPC 通信
- 具有全面验证的错误处理
- 生产就绪，带有30秒超时和适当的日志记录
📊 API 信息
- 基础 URL：
https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql - 版本：Open Targets v25.0.1
- 速率限制：对研究用途慷慨
- 认证：无需认证
- 格式：GraphQL 查询，JSON 响应
🤝 贡献
此服务器由 Augmented Nature 开发和维护。对于增强功能：
- 分叉仓库
- 进行更改
- 提交拉取请求
支持
对于以下问题：
- MCP 服务器：检查服务器日志和错误输出
- Open Targets API：访问 platform.opentargets.org
- GraphQL 查询：使用 Open Targets GraphQL 浏览器
引用
如果您在研究或出版物中使用了该项目，请按如下方式引用：
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP 服务器},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {访问日期：2025-06-29}