公众述评-MCP服务器

Name: 公众述评-MCP服务器
Author: JackKuo666

作者：JackKuo6668 星标更新：2025-04-01

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

PubTator MCP Server

🔍 基于PubTator3的生物医学文献注释和关系挖掘服务器，通过MCP接口提供便捷访问。

PubTator MCP Server通过模型上下文协议（MCP）为AI助手提供了访问PubTator3生物医学文献注释系统的能力。它允许AI模型程序化地搜索科学文献，获取注释信息，并分析实体间的关系。

🤝 贡献 • 📝 报告问题

✨ 核心功能

🔎 文献注释导出：支持以多种格式导出PubTator注释结果 ✅
🚀 实体ID查询：通过自由文本查询生物概念的标准标识符 ✅
📊 关系挖掘：发现实体间的生物医学关系 ✅
📄 文献检索：支持通过关键词和实体ID检索文献 ✅
🧠 批量处理：支持从搜索结果批量导出注释信息 ✅

🚀 快速开始

需求

Python 3.10+
FastMCP 库

安装

通过 Smithery

使用 Smithery 自动安装 PubTator Server：

Claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

在设置 → Cursor 设置 → MCP → 添加新服务器中粘贴：

Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}"

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"

手动安装

克隆仓库：

git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git
cd PubTator-MCP-Server

安装依赖项：
```
pip install -r requirements.txt
```

📊 使用方法

直接运行服务器

启动MCP服务器：

python pubtator_server.py

该服务器现在支持标准输入输出（stdio）和TCP传输。默认情况下，它使用TCP传输。您可以配置以下环境变量：

MCP_TRANSPORT：设置为“tcp”用于TCP传输或“stdio”用于标准输入输出（默认是“tcp”）
MCP_HOST：绑定的主机（默认是“0.0.0.0”）
MCP_PORT：监听的端口（默认是8080）

示例：使用自定义设置启动服务器：

MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.py

该服务器实现了惰性初始化和适当的错误处理。它会优雅地处理关闭信号（SIGINT 和 SIGTERM），并在启动或操作过程中记录任何发生的错误。

使用 Docker

我们提供了一个 Dockerfile 以便于部署。要使用 Docker 容器：

构建 Docker 镜像：
```
docker build -t pubtator-mcp-server .
```

运行 Docker 容器：

docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server

这将在 Docker 容器内启动 PubTator MCP 服务器，并将其暴露在8080端口上。

故障排除

如果遇到启动服务器的问题：

检查控制台输出中的错误消息。
确保已安装所有必需的依赖项（参见需求部分）。
验证环境变量是否正确设置。
如果服务器无法启动，请尝试以增加的详细程度运行：

python -v pubtator_server.py

这将提供更多详细的日志信息，帮助识别问题来源。

当使用 Docker 时，可以检查日志：

docker logs <容器ID>

配置

Claude Desktop 配置

添加到 claude_desktop_config.json：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

CLine 配置

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

要使用TCP传输，请修改配置如下：

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "tcp",
        "MCP_HOST": "127.0.0.1",
        "MCP_PORT": "8888"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 API 功能

PubTator MCP Server 提供以下核心功能：

1. 导出出版物 (export_publications)

导出指定PMID文献的PubTator注释结果：

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # 支持：pubtator, biocxml, biocjson
    full_text=False     # 是否包含全文
)

2. 实体ID查询 (find_entity_id)

通过自由文本查询生物概念的标准标识符：

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # 可选：gene, disease, chemical, species, mutation
    limit=5             # 可选：限制结果数量
)

3. 关系查询 (find_related_entities)

查找与指定实体相关的其他实体：

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # 可选：treat, cause, interact, 等等
    target_entity_type="chemical",  # 可选：gene, disease, chemical
    max_results=5       # 可选：限制结果数量
)

4. 文献检索 (search_pubtator)

搜索 PubTator 数据库：

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # 可选：最大检索页数
)

5. 批量导出 (batch_export_from_search)

搜索并批量导出文献注释：

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

注意：实际函数调用可能因您的实现而异。这些示例基于我们的最新测试，可能需要调整以匹配您的确切API。

⚠️ 使用限制

API 请求速率限制：每秒最多3次请求
在批量导出时，使用合理的batch_size以避免请求超时
对于关系查询，实体ID必须以“@”开头，例如：“@DISEASE_COVID-19”

📄 许可证

本项目根据MIT许可证发布。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守 PubTator 的服务条款，并负责任地使用此工具。