GBIF BigQuery MCP 服务器

这是一个模型上下文协议（MCP）服务器，它为AI代理提供特定领域的工具，通过BigQuery查询GBIF（全球生物多样性信息设施）物种出现数据。此MCP服务器负责查询的构建；它依赖于BigQuery MCP服务器来执行查询。

功能概述

此MCP服务器作为AI代理与GBIF之间的桥梁，提供以下三个关键功能：

• 按分类群和地理位置统计出现次数
• 检索带有详细信息和坐标的出现记录
• 列出高级分类群中的物种

该服务器生成优化的BigQuery SQL语句，基于以下知识：

• GBIF模式和字段名称
• 常见查询模式和最佳实践
• 分类过滤
• 按ISO国家代码进行地理过滤

架构

AI代理 → GBIF MCP服务器 → BigQuery MCP服务器 → Google BigQuery

MCP生成领域特定的SQL，BigQuery MCP执行它，代理获取具有完整GBIF上下文的结果。

预备条件

• Python 3.8+
• BigQuery MCP服务器

安装

创建环境

mamba create -n gbif-mcp-server python=3.12 -2
mamba activate gbif-mcp-server

安装依赖

pip install -r requirements.txt

测试安装

python gbif_mcp_server.py

服务器应启动并等待输入（使用Ctrl+C退出）。

配置

配置因主机代理环境而异，但相关的.json配置文件如下所示：

{
  "mcpServers": {
    "gbif-mcp-server": {
      "command": "/path/to/your/gbif-mcp-server/bin/python",
      "args": ["/path/to/your/gbif_mcp_server.py"],
      "env": {}
    },
    "bigquery": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@google-cloud/mcp-server-bigquery"],
      "env": {
        "GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS": "/path/to/your/service-account-key.json"
      }
    }
  }
}

使用示例

统计记录

"计算乌干达蚊子的出现次数，包括坐标"

→ 生成SQL使用family = 'Culicidae'，country_code = 'UG'，require_coordinates = True

获取物种列表

"列出在肯尼亚发现的蝴蝶物种"

→ 生成SQL使用order = 'Lepidoptera'，country_code = 'KE'

获取出现记录

"获取来自巴西的最近鸟类观察记录，限制50条记录"

→ 生成SQL使用class = 'Aves'，country_code = 'BR'，limit = 50

可用工具

count_occurrences_by_taxon

按分类群和地点统计GBIF出现记录。

参数：

• kingdom，phylum，class_name，order，family，genus，species：分类过滤器
• country_code：两位数的ISO国家代码（例如，'UG'，'KE'）
• require_coordinates：仅统计具有有效坐标的记录
• min_year，max_year：时间过滤器

get_occurrence_records

检索实际出现记录及其详细信息。

参数： 同上，加上：

• limit：返回的最大记录数（默认100，最大10,000）

get_species_in_taxon

列出高级分类群内的不同物种。

参数： 同计数工具，不包括物种级过滤器

• limit：返回的最大物种数（默认1,000）

资源

该服务器还提供了参考资源：

• gbif://schema：GBIF BigQuery模式参考
• gbif://country-codes：常见的ISO国家代码

示例SQL输出

输入："计算乌干达蚊子的出现次数，包括坐标"

生成的SQL：

SELECT COUNT(*) as occurrence_count
FROM `bigquery-public-data.gbif.occurrences`
WHERE occurrencestatus = 'PRESENT' 
  AND UPPER(family) = UPPER('Culicidae') 
  AND countrycode = 'UG' 
  AND decimallatitude IS NOT NULL 
  AND decimallongitude IS NOT NULL;

数据来源

此服务器生成查询针对的是GBIF BigQuery数据集，该数据集包含超过20亿条来自全球生物多样性信息设施的物种出现记录。

许可证

MIT许可证