罗塞塔-MCP服务器

Name: 罗塞塔-MCP服务器
Author: Arielbs

作者：Arielbs9 星标更新：2025-08-30

安装使用来源：spider==github.com

项目介绍

Rosetta MCP Server

作者：Ariel J. Ben-Sasson

这是一个模型上下文协议（MCP）服务器，允许Cursor（或任何MCP客户端）与Rosetta和PyRosetta进行交互：运行RosettaScripts，验证XML协议，列出常见的移动器、过滤器和选择器，并可选地通过PyRosetta进行评分或查询。

您将获得的内容

从Cursor运行RosettaScripts (run_rosetta_scripts)
生成RosettaScripts XML模式 (rosetta_scripts_schema)
验证XML (validate_xml)
浏览常见的移动器、过滤器、选择器及其参数 (list_functions, get_rosetta_info, get_rosetta_help)
可选的PyRosetta工具 (pyrosetta_score, pyrosetta_introspect)
环境助手 (python_env_info, check_pyrosetta, install_pyrosetta_installer, find_rosetta_scripts, search_pyrosetta_wheels)

快速开始（非专家）

选项1：从npm安装（推荐）

npm install -g rosetta-mcp-server

注意：npm安装仅安装MCP服务器包装器。PyRosetta的安装会在您首次使用PyRosetta工具时自动进行，这可能需要10-30分钟。在安装过程中会显示进度指示器。

⚡ 安装时间线

npm install（几秒钟）：安装MCP服务器包装器
PyRosetta安装（10-30分钟）：可以是以下两种方式之一：
- 选项A：运行rosetta-install-pyrosetta立即安装
- 选项B：使用任何PyRosetta工具——它会自动安装PyRosetta
后续使用（几秒钟）：PyRosetta已经安装，执行速度快

选项2：从源代码安装

安装前提条件（macOS示例）

brew install node
python3 --version

克隆并全局安装此服务器

git clone https://github.com/yourusername/rosetta-mcp-server.git
cd rosetta-mcp-server
npm install -g .

🚀 PyRosetta安装命令

安装包后，您可以使用以下命令安装PyRosetta：

命令1：独立安装程序（推荐）

rosetta-install-pyrosetta

命令2：npm脚本

npm run install-pyrosetta

命令3：手动触发

node -e "const { RosettaMCPServer } = require('rosetta-mcp-server'); const server = new RosettaMCPServer(); server.installPyRosettaViaInstaller().then(console.log);"

注意：所有方法都会显示进度指示器，并警告10-30分钟的安装时间。

🔄 自动安装行为

现在，当需要时，PyRosetta工具会自动安装PyRosetta！

当您调用任何PyRosetta工具（如pyrosetta_score或pyrosetta_introspect）时：

服务器检查PyRosetta是否可用
如果缺失：自动启动PyRosetta安装，并显示进度指示器
安装后：重试原始操作
未来调用：快速执行（PyRosetta已安装）

这意味着您可以在npm安装后立即开始使用PyRosetta工具——无需手动设置！

🔄 XML到PyRosetta翻译

自动将RosettaScripts XML转换为PyRosetta Python代码！

示例XML输入：

<ROSETTASCRIPTS>
  <SCOREFXNS>
    <ScoreFunction name="ref2015" weights="ref2015"/>
  </SCOREFXNS>
  <MOVERS>
    <FastRelax name="relax" scorefxn="ref2015"/>
  </MOVERS>
  <PROTOCOLS>
    <Add mover="relax"/>
  </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

生成的PyRosetta代码：

# 从RosettaScripts XML生成的PyRosetta代码
# ==================================================

import pyrosetta
from pyrosetta import pose_from_pdb
from pyrosetta.rosetta.protocols.moves import *
from pyrosetta.rosetta.protocols.simple_moves import *
from pyrosetta.rosetta.protocols.filters import *
from pyrosetta.rosetta.core.select.residue_selector import *
from pyrosetta.rosetta.core.pack.task.operation import *

# 初始化PyRosetta
pyrosetta.init("-mute all")

# 加载您的PDB文件
pose = pose_from_pdb("your_protein.pdb")

# 创建移动器
fast_relax = FastRelax()
fast_relax.score_function = get_score_function("ref2015")

# 将移动器应用于姿态
fast_relax.apply(pose)

# 保存结果
pose.dump_pdb("output.pdb")

# 打印最终得分
score = pose.energies().total_energy()
print(f"最终得分: {score}")

🆕 智能环境检测

安装程序现在会自动检测并处理环境冲突：

检测Anaconda/Conda依赖问题
创建新鲜的Python环境当发现冲突时
在干净环境中安装PyRosetta以避免冲突
提供环境路径供将来使用

环境位置：~/.venv/pyrosetta_mcp_env/（根据需要自动创建）

在Cursor中注册服务器编辑~/.cursor/mcp.json并添加/更新rosetta条目：

{
  "mcpServers": {
    "rosetta": {
      "command": "/opt/homebrew/bin/rosetta-mcp-server",
      "args": [],
      "env": {
        "ROSETTA_BIN": "/绝对路径/到/rosetta/main/source/bin",
        "PYTHON_BIN": "/Users/<你>/.venvs/rosetta-mcp/bin/python"
      }
    }
  }
}

注意事项：

设置ROSETTA_BIN为包含RosettaScripts可执行文件的目录或可执行文件的完整路径（例如，.../rosetta_scripts.default.macosclangrelease或.../rosetta_scripts_jd3.default.macosclangrelease）。
PYTHON_BIN是可选的；如果设置了，服务器将使用该解释器（建议在使用PyRosetta时使用）。

重启Cursor 打开设置→MCP。“rosetta”服务器应变为绿色且其工具可见。

设置Python环境

⚠️ 重要提示：首次运行时，PyRosetta安装可能需要10-30分钟！ 这涉及下载和编译大型科学库。请耐心等待，不要中断过程。

安装npm包会发生什么：

✅ 快速：npm安装MCP服务器包装器（几秒钟）

⏳ 稍后：首次使用PyRosetta工具时，服务器会自动安装PyRosetta（10-30分钟）

🆕 智能：如果检测到环境冲突，将在~/pyrosetta_mcp_env/创建一个干净的环境

选项A（uv虚拟环境；推荐）：

uv venv ~/.venvs/rosetta-mcp
~/.venvs/rosetta-mcp/bin/python -m pip install --upgrade pip

不使用conda安装PyRosetta，使用官方安装程序：

~/.venvs/rosetta-mcp/bin/python -m pip install pyrosetta-installer
~/.venvs/rosetta-mcp/bin/python -c "import pyrosetta_installer as I; I.install_pyrosetta()"

验证：

~/.venvs/rosetta-mcp/bin/python -c "import pyrosetta; pyrosetta.init('-mute all'); print('PyRosetta OK')"

选项B（Conda）：

conda create -n rosetta-mcp python=3.9 -y
conda activate rosetta-mcp
conda install -c rosettacommons pyrosetta -y
# 然后在~/.cursor/mcp.json中设置PYTHON_BIN为此环境的python

使用工具

run_rosetta_scripts：运行RosettaScripts
- 输入：xml_path，input_pdb，out_dir（必需）
- 可选：exe_path（覆盖），extra_flags（CLI标志数组）
- 可执行文件解析顺序：exe_path → ROSETTA_BIN（文件或目录）→ 常见目录 → rosetta_scripts在PATH上
rosetta_scripts_schema：写入XSD模式到缓存目录，可选元素列表
validate_xml：基本语法验证XML字符串/文件
get_rosetta_info，list_functions，get_rosetta_help：整理信息
pyrosetta_score（可选）：使用PyRosetta对PDB进行评分
pyrosetta_introspect（可选）：搜索PyRosetta类；返回文档/签名
xml_to_pyrosetta（可选）：将RosettaScripts XML翻译成PyRosetta Python代码
设置辅助：python_env_info，check_pyrosetta，install_pyrosetta_installer，find_rosetta_scripts，search_pyrosetta_wheels

按工具示例（人类可读的问答）

get_rosetta_info
- 问题：“我的设置有哪些Rosetta信息？”
- 回答：返回rosetta_path，pyrosetta_available以及整理好的列表（评分函数、移动器、过滤器、选择器、任务操作、参数、命令行选项）。
list_functions
- 问题：“展示常见的移动器、过滤器、选择器和任务操作。”
- 回答：返回分类数组，您可以复制到XML（名称仅）。
get_rosetta_help
- 问题：“解释‘过滤器’（或‘移动器’、‘xml’、‘参数’、‘评分函数’）。”
- 回答：主题的简短文本解释。
validate_xml
- 问题：“这个RosettaScripts XML在语法上有效吗？”
- 提供：您的XML字符串
- 回答：{ valid: true }或{ valid: false, error: "..." }，带有失败的行/列。
run_rosetta_scripts
- 问题：“在这个PDB上运行这个协议。”
- 提供：xml_path，input_pdb，out_dir（以及可选标志，例如-nstruct 1）。
- 回答：{ exit_code, stdout, stderr, out_dir }。结果（PDBs、得分）由Rosetta写入out_dir下。
rosetta_scripts_schema
- 问题：“生成XML模式并列出元素名称。”
- 提供：可选extract_elements: true。
- 回答：{ schema_path, size, elements? }其中elements是标签名的去重列表。
cache_cli_docs
- 问题：“缓存RosettaScripts命令行帮助以便离线搜索。”
- 回答：{ saved: [help.txt, parser_info.txt] }路径在缓存目录下。
get_cached_docs
- 问题：“搜索缓存文档中的‘解析器’（或任何字符串）。”
- 提供：query: "parser"（以及可选max_lines）。
- 回答：{ count, matches: [{ file, line, text }, ...] }。
pyrosetta_score（需要PyRosetta）
- 问题：“使用默认评分函数对这个PDB进行评分。”
- 提供：pdb_path。
- 回答：{ score: <数字> }，或者如果未安装则为{ error: 'PyRosetta不可用：...' }。
pyrosetta_introspect（需要PyRosetta）
- 问题：“查找‘FastRelax’移动器（或任何移动器/过滤器/选择器/任务）。”
- 提供：query: "FastRelax"，可选kind: "mover|filter|selector|task"。
- 回答：{ results: [{ name, module, bases, doc, init }, ...], count }。
xml_to_pyrosetta（需要PyRosetta）
- 问题：“将这个RosettaScripts XML转换为PyRosetta Python代码。”
- 提供：xml_content: "<你的XML字符串>"，可选include_comments: true，output_format: "python"。
- 回答：{ success: true, python_code: "...", components_found: {...} }。

从命令行验证（可选）

which rosetta-mcp-server
printf '{"jsonrpc":"2.0","id":1,"method":"initialize","params":{"protocolVersion":"2024-11-05","capabilities":{},"clientInfo":{"name":"check","version":"1"}}}\n' | rosetta-mcp-server
printf '{"jsonrpc":"2.0","id":1,"method":"initialize","params":{"protocolVersion":"2024-11-05","capabilities":{},"clientInfo":{"name":"check","version":"1"}}}\n{"jsonrpc":"2.0","id":2,"method":"tools/list","params":{}}\n' | rosetta-mcp-server

故障排除

Rosetta服务器在Cursor中显示红色
- 编辑~/.cursor/mcp.json后重启Cursor。
- 在配置中使用绝对命令（例如，/opt/homebrew/bin/rosetta-mcp-server）。
- 确保Node 16+和Python 3.8+。
- 检查ROSETTA_BIN指向有效的目录或可执行文件，或者删除它并依赖于PATH。
run_rosetta_scripts无法启动
- 确认二进制文件可执行（尝试"$ROSETTA_BIN" -help）或明确传递exe_path。
PyRosetta工具说“不可用”
- 使用pyrosetta-installer（pip）或conda安装PyRosetta。
- 注意：首次安装PyRosetta可能需要10-30分钟。MCP服务器在安装期间会显示进度指示器。

开发

rosetta-mcp-server/
├── rosetta_mcp_server.py    # Python服务器（信息/帮助/XML）
├── rosetta_mcp_wrapper.js   # Node MCP服务器（标准I/O协议+工具）
├── package.json             # NPM包（全局二进制）
└── README.md                # 此文件

许可证和归属

本仓库采用MIT许可证
Rosetta/PyRosetta：参见RosettaCommons许可证；商业用途需要适当的许可证