非官方基因本体论MCP服务器

这是一个全面的模型上下文协议服务器，用于访问基因本体论（GO）数据，使AI系统能够执行基于本体论的分析、基因注释研究和功能富集研究。

特性

• 术语搜索与查找：通过关键词、名称或定义搜索GO术语
• 本体导航：探索术语之间的层级关系
• 基因注释：访问基因和蛋白质的GO注释
• 验证：验证GO标识符并检查术语是否存在
• 统计信息：获取全面的本体统计信息和元数据

安装

npm install
npm run build

使用方法

作为MCP服务器

在您的MCP客户端配置中添加：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

可用工具

search_go_terms

通过关键词、名称或定义搜索基因本体论术语。

{
  "query": "凋亡",
  "ontology": "生物过程",
  "size": 10
}

get_go_term

获取特定GO术语的详细信息。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

验证GO标识符格式并检查术语是否存在。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

获取关于GO本体论的统计数据（术语数量、最近更新等）。

{
  "ontology": "全部"
}

资源模板

• go://term/{id} - 完整的GO术语信息
• go://annotations/{gene} - 基因注释
• go://search/{query} - 搜索结果
• go://hierarchy/{id} - 术语层级关系

示例

搜索与凋亡相关的术语

# 使用search_go_terms工具
{
  "query": "凋亡",
  "ontology": "生物过程",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

获取特定GO术语的详细信息

# 使用get_go_term工具
{
  "id": "GO:0 006915"
}

验证一个GO标识符

# 使用validate_go_id工具
{
  "id": "GO:0008150"
}

数据来源

此服务器集成以下资源：

• QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要数据源
• GO Consortium (https://geneontology.org/) - 官方基因本体论
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - 额外浏览界面

错误处理

该服务器包括对以下情况的全面错误处理：

• 无效的GO标识符
• 缺失的术语
• API超时
• 网络错误
• 格式不正确的请求

贡献

1. 分叉仓库
2. 创建功能分支
3. 进行更改
4. 如适用，请添加测试
5. 提交拉取请求

引用

如果您在研究或出版物中使用了这个项目，请按如下方式引用它：

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {访问日期: 2025-06-29}